Studi Literatur Pemanfaatan High Performance Computing dalam Bidang Bioinformatics

Abstract

Komputasi tingkat tinggi atau High Performance Computing (HPC) dapat membantu memudahkan kinerja dalam berbagai aspek, salah satunya pada bidang bioinformatika. Penerapan HPC dalam bidang bioinformatika antara lain pembuatan basis data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologis. Tujuan dari studi literatur ini untuk menganalisis perkembangan jumlah paper yang telah dipublikasikan mengenai penggunaan teknik HPC dalam bidang bioinformatika dalam kurun waktu lima tahun terakhir dari tahun 2012 sampai 2016. Teknik HPC yang digunakan untuk membantu menyelesaikan permasalahan bioinformatika, diantaranya adalah Graphics Processing Unit (GPU), Multi-Core, Multi-processor dan Cluster Computing. Metode yang digunakan dalam studi literatur ini adalah pengumpulan, filtrasi, klusterisasi, visualisasi dan analisis data. Dalam studi literatur ini, kami menunjukkan bahwa teknik GPU merupakan teknik yang paling cepat dan efisien dalam menghitung big data, khususnya data bioinformatika.