Analisis Protein Gen LCYB pada Mikroalga Laut Phaeodactylum tricornutum menggunakan Pendekatan Bioinformatika

Abstract

LCYB merupakan gen yang memproduksi enzim Lycopene Beta Cyclase. Enzim Lycopene Beta Cyclase beperan dalam mengubah likopen menjadi ß-karoten. Gen LCYB terdapat pada diatom maupun mikroalga hijau. Berbeda dengan mikroalga hijau, penelitian mengenai struktur protein Lycopene Beta Cyclase selaku produk gen LCYB pada diatom masih minim publikasi. Dalam penelitian ini dilakukan prediksi struktur produk gen LCYB pada diatom P. tricornutum secara bioinformatika. Untuk menganalisis perbedaan produk gen LCYB pada diatom dan mikroalga hijau, produk gen LCYB pada diatom P. tricornutum dibandingkan dengan produk gen LCYB pada mikroalga hijau  M. zofingiensis. Konstruksi pohon filogenetik dilakukan menggunakan perangkat lunak MEGA7. Analisis gen LCYB dan struktur produk gen LCYB dilakukan menggunakan beberapa perangkat bioinformatika. Analisis docking dilakukan untuk memperkuat prediksi adanya interaksi antara produk gen LCYB hasil prediksi dengan ligannya menggunakan   AutoDocksTools-1.5.6. M. zofingiensis memiliki hubungan kekerabatan yang jauh dengan P. Tricornutum sehingga kemiripan gen dan produk gen LCYB hasil prediksi juga jauh berbeda.  Mikroalga hijau M. zofingiensis mengandung protein transmembran yang tidak dimiliki pada diatom P. Tricornutum. Hasil docking menunjukkan adanya interaksi antara produk gen LCYB hasil prediksi dengan ligannya yaitu likopen.